Działalność edukacyjna Muzeum Martyrologicznego w Żabikowie jest uzupełnieniem programu edukacyjnego realizowanego w szkołach na różnych szczeblach nauczania, a także wspomaga nauczycieli w upowszechnianiu wiedzy o II wojnie światowej, okupacji hitlerowskiej w Polsce i Holocauście.
Lekcje muzealne oparte na blokach tematycznych, konsultowanych wcześniej z nauczycielami, uzupełniają i znacznie poszerzają wiedzę uczniów, przekazywaną im np. na lekcjach historii i języka polskiego. Istotne jest przy tym wykorzystanie zebranych przez Muzeum materiałów archiwalnych, filmów dokumentalnych i relacji więźniów
Muzeum udostępnia kopie dokumentów pedagogom, przygotowującym młodzież m. in. do olimpiad historycznych oraz pomaga w tworzeniu szkolnych izb pamięci i kół zainteresowań historycznych.
Działalność edukacyjna jest realizowana na zewnątrz w formie odczytów, prelekcji, warsztatów i wystaw czasowych Skierowana jest także do przyszłych nauczycieli i realizowana przy współpracy m.in. z Uniwersytetem im. Adama Mickiewicza w Poznaniu.
Muzeum uczestniczy w międzynarodowych projektach edukacyjnych dla młodzieży, w ramach współpracy z partnerskimi krajami związkowymi Niemiec, jak np. Wielkopolskaund Hessen ? Partner in Europa, a także uczelniami Niemiec i Kanady.
